為防止和治療各種異物造成的胃腸不適或病癥，不妨常吃些黑木耳，尤其是從事理發、開礦、粉塵、鋸木、修理、護路等作業的人員更應經常吃些黑木耳。
黑木耳對膽結石、腎結石、膀胱結石、糞石等內源性異物也有比較顯著的化解功能。黑木耳所含的發酵和植物堿，具有促進消化道與泌尿道各種腺體分泌的特性，並協同這些分泌物催化結石，滑潤管道，使結石排出。
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同時，黑木耳還含有多種礦物質，能對各種結石產生強烈的化學反應，剝脫、分化、侵蝕結石，使結石縮小，排出。對於初發結石，保持每天吃1-2次黑木耳，疼痛、惡嘔等癥狀可在2-4天內緩解，結石能在10天左右消失，對於較大較堅固的結石，其效果較差，但如長期食用黑木耳，亦可使有些人的結石逐漸變小變碎，排出體外。常吃黑木耳，還能預防血栓等癥的發生。